Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.matrix,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct,
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.AlignmentParameter (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm.Arithmetic (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm.ShAlgorithm)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.BatchAlignPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.BinaryBlock (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.Block (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.CandidateBlock (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.DefaultParam (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.FastPipe (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.Pipeline)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.FastqUnitBuffer (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.NGSfileUnitBuffer)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.HelpParam
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.HitInfo (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.InfoDumper (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.InfoManager, java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.InfoLogger (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.InfoManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.JavaSerializer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.KmerLoc (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.kryoSerializer (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.ShKryoSerializer)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.Main
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfChisquareTester
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfCluster
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfConverter
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfCorrelationer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfDecompresser
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfMapper
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfParallelizer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfPiper
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfReductioner
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfRegressioner
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfReporter
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfStatisticer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.main.MainOfVariantCaller
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.ObjectFileInput (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.InputFileManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.ObjectFileOutput (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.OutputFileManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.OnePipe (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.Pipeline, java.lang.Runnable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.Parameter
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForChisquareTester
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForCluster
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForConverter
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForCorrelationer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForDecompresser
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForMapper
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForParallelizer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForReductioner
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForRegressioner
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForReporter
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForScriptPiper
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForStatisticer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.ParameterForVariantCaller
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.Pipelines (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.Pipeline, java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.Qgram (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.QgramComparator (implements java.util.Comparator<T>, java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.ReadFasta (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.InputFileManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.ReadFastq (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.InputFileManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.readInfo
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.ReadInfo (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.RefInfo (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefStructBuilder (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefStructManager, java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefStructSerializer (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefSerializer, java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.struct.RefTitle (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.matrix.ScoreMatrix (implements java.io.Serializable, uni.bielefeld.cmg.sparkhit.matrix.ShMatrix)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkBamPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkChiSquarePipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkClusterPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkConvertPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkCorrelationPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkDecompressPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkHWEPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.SparkKryoRegistrator (implements org.apache.spark.serializer.KryoRegistrator)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkParallelPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkReductionPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkRegressionPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkReportPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.SparkScriptPipe (implements java.io.Serializable)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm.Statistic (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm.ShAlgorithm)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.TextFileBufferInput (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.InputFileManager)
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.TextFileBufferOutput (implements uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.OutputFileManager)

Interface Hierarchy

• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.FileManager
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.InputFileManager
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.OutputFileManager
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.util.InfoManager
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.io.NGSfileUnitBuffer
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.pipeline.Pipeline
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefIOManager
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefManager
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefStructManager
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.reference.RefSerializer
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.algorithm.ShAlgorithm
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.matrix.ShMatrix
• uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.ShSerializer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.ShJavaSerializer
  • uni.bielefeld.cmg.sparkhit.serializer.ShKryoSerializer